Την έντονη αντίδραση του Αρχιεπισκόπου Κύπρου Χρυσόστομου προκάλεσε η απόφαση της Κυπριακής κυβέρνησης για τις μέρες της Μεγάλης Εβδομάδας και την Ανάσταση, να μην επιτρέψει στους ναούς πιστούς, παρά μόνο 10 άτομα, απαγορεύοντας και την παρουσία στους προαύλιους χώρους των εκκλησιών.
Μετά την ανακοίνωση ο Αρχιεπίσκοπος Κύπρου έσπευσε να δηλώσει πως δεν πρόκειται να υπακούσει η Εκκλησία, καλώντας την κυβέρνηση να απαντήσει αν οι πιστοί μπορούν να μεταδώσουν τον ιό όταν φοράνε μάσκες και έχουν αποστάσεις: «Δεν θα υπακούσουμε και θα καλέσουμε τους πιστούς να προσέλθουν στους Ναούς με αποστάσεις και φορώντας τις μάσκες». Συνεχίζοντας ανέφερε ότι η Κυβέρνηση πρέπει να αφήσει την Εκκλησία ήσυχη.
Τελικά η κυβέρνηση το ξανασκέφτηκε και έβγαλε διευκρινιστική, ανατρέποντας την προηγούμενη απόφασή της σχετικά με την παρουσία πιστών. Στην ανακοίνωση αναφέρεται:
«Σε σχέση με τις σημερινές Αποφάσεις του Υπουργικού Συμβουλίου που αφορούν τη Μεγάλη Βδομάδα από 26/4/2021 έως 2/5/2021, διευκρινίζονται τα ακόλουθα:
1) Στο εσωτερικό των ναών, επιτρέπεται η παρουσία μέχρι 50 ατόμων, νοουμένου ότι θα προσκομίζουν το πιστοποιητικό εμβολιασμού τους για το COVID-19, με το οποίο να αποδεικνύουν ότι έχουν εμβολιασθεί τουλάχιστον με τη μια δόση, τουλάχιστον τρεις (3) εβδομάδες πριν και τηρουμένου του μέτρου αποστασιοποίησης, καθώς και του υγειονομικού πρωτοκόλλου του Υπουργείου Υγείας. Επιτρέπεται επίσης, η παρουσία πιστών στον προαύλιο χώρο των ιερών ναών, τηρουμένου του μέτρου αποστασιοποίησης και του υγειονομικού πρωτοκόλλου που ισχύει για τη λειτουργία των εκκλησιών και νοουμένου ότι θα γίνουν διαρρυθμίσεις για να παρευρίσκονται καθήμενοι οι πιστοί.
2) Υπενθυμίζεται ότι, η απαγόρευση μετακίνησης αρχίζει στις 9.00 μ.μ.
3) Νοείται ότι, σε σχέση με την απόφαση για την Αναστάσιμη Ακολουθία του Μεγάλου Σαββάτου ισχύουν τα όσα έχουν ήδη ανακοινωθεί».