Την περίοδο του λεγόμενου «βρώμικου '89» βρέθηκε κοντά στον Ανδρέα Παπανδρέου, στηλιτεύοντας την επιλογή της ηγεσίας της Αριστεράς να συγκυβερνήσει με τον Κωνσταντίνο Μητσοτάκη, τον οποίο ο Μικρούτσικος αποκάλεσε «αρχιερέα της διαπλοκής». Στην τελευταία κυβέρνηση του Ανδρέα Παπανδρέου (1993 - 1996) τοποθετήθηκε εξωκοινοβουλευτικός αναπληρωτής υπουργός Πολιτισμού το 1993, και ένα χρόνο αργότερα, το 1994, με το θάνατο της Μελίνας Μερκούρη, ανέλαβε υπουργός Πολιτισμού, αξίωμα που διατήρησε μέχρι το 1996 και τον σχηματισμό της κυβέρνησης του Κώστα Σημίτη.
Τι προσέφερε
Η πολιτική του ως υπουργού Πολιτισμού στηριζόταν στους εξής άξονες:
Στην υλοποίηση του Εθνικού Πολιτιστικού Δικτύου Πόλεων (ΕΠΔΠ), ενός προγράμματος που σχεδίασε και άρχισε να υλοποιεί από τον Νοέμβριο του 1993 και το οποίο δημιουργεί θεσμούς διεθνούς εμβέλειας στην ελληνική περιφέρεια. Στο πλαίσιο αυτού του προγράμματος έχει προβλεφθεί η δημιουργία του Πληροφοριακού Συστήματος που θα συνδέσει τις ελληνικές πόλεις μεταξύ τους και με το εξωτερικό στον τομέα του Πολιτισμού. Το πιλοτικό πρόγραμμα του Πληροφοριακού Συστήματος υπήρξε ο πυρήνας και η αφορμή για τη δημιουργία του κόμβου ΟΔΥΣΣΕYΣ του Υπουργείου Πολιτισμού. Στη διατύπωση εθνικών, δηλαδή ολοκληρωμένων, πολιτικών κατά τομέα. Στον εκσυγχρονισμό των φορέων που εποπτεύονται από το Υπουργείο Πολιτισμού, με την αλλαγή των θεσμικών τους πλαισίων. Στην εκπόνηση και υλοποίηση πιλοτικών προγραμμάτων για την πολιτιστική κληρονομιά. Στη δημιουργία ενός ηλεκτρονικού πολιτιστικού χάρτη της Ελλάδας μέσω της σύνδεσης του Υπουργείου Πολιτισμού με το ηλεκτρονικό δίκτυο INTERNET.Εμφανίστηκε στο προσκήνιο μετά από πολλά χρόνια στο ελληνικό δημοψήφισμα του 2015, στο οποίο τάχθηκε υπέρ του «Όχι».
Τα τελευταία χρόνια έχει ταχθεί και πάλι με το ΚΚΕ. Έδωσε τρεις μεγάλες συναυλίες για τα 100 χρόνια του κόμματος το 2018 παρουσιάζοντας μετά από δεκαετίες το έργο του "Καντάτα για τη Μακρόνησο - Σπουδή σε ποιήματα του Βλαδίμηρου Μαγιακόφσκι", ενώ προχώρησε και στην επανεκτέλεση του έργου η οποία κυκλοφορεί από τις εκδόσεις "Σύγχρονη Εποχή". Ο ίδιος, στη συνέντευξη τύπου που δόθηκε για τη συγκεκριμένη κυκλοφορία, είπε για τη σχέση του με το ΚΚΕ: "Είχα κι εγώ κάποιες φορές επιφυλάξεις. Όχι για τη στρατηγική του. Κυρίως γι αυτή την περίφημη ιστορία, το κυνήγι του εφικτού. Όποιος όμως διαβάζει με πάθος ιστορία, θα παρατηρήσει τα τελευταία τουλάχιστον 40 χρόνια, ότι ακόμη και αρχικά αριστερές ριζοσπαστικές δυνάμεις σε ολόκληρη την Ευρώπη, κυνηγώντας το εφικτό, είτε ενσωματώθηκαν απολύτως στο σύστημα, είτε περιθωριοποιήθηκαν (...)
Το ΚΚΕ είναι το μόνο κόμμα που δεν δημιουργεί ψευδαισθήσεις ότι στο βάρβαρο καπιταλισμό, ειδικά σήμερα, μπορούν τα πράγματα να γίνουν καλύτερα (...) Εγώ είμαι οριστικά μαζί με το ΚΚΕ". Στις βουλευτικές εκλογές του 2019 τοποθετήθηκε στην τελευταία τιμητική θέση του ψηφοδελτίου επικρατείας του ΚΚΕ.
