Βρίσκεται 85 χιλιόμετρα βορειανατολικά της Βηρυτού, 75 χιλιόμετρα βόρεια της Δαμασκού και είναι χτισμένη σε ύψος 1.170 μέτρων. Ο πληθυσμός της πόλης σήμερα φτάνει τους 72.000 κατοίκους.
Οι ανασκαφές στην περιοχή έφεραν στο φως σημάδια κατοίκησης από την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού, δηλαδή γύρω στα 2900 π.Χ. - 2300 π.Χ.. Οι Φοίνικες, από τους πρώτους κάτοικους της περιοχής, λάτρευαν στη συγκεκριμένη πόλη τον θεό του Ήλιου της δικής τους μυθολογίας, το θεό Βάαλ.
Η πόλη ξεκίνησε να ακμάζει το 323 π.Χ., όταν ο Μέγας Αλέξανδρος πέθανε, το έτος δηλαδή που προσαρτήθηκε στο βασίλειο των Πτολεμαίων. Τότε μετονομάστηκε σε Ηλιούπολη από τους Έλληνες, τιμής ένεκεν στο θεό προστάτη της τον Βάαλ.
Η πόλη έμεινε υπό ελληνική κυριαρχία μέχρι το 64 π.Χ., όποτε οι Ρωμαίοι την κατέκτησαν, ενώ το 15 π.Χ. ο Οκταβιανός Αύγουστος την μετέτρεψε σε ρωμαϊκή αποικία βετεράνων και την μετονόμασε σε Colonia Julia Augusta Felix Heliopolitana. Τη περίοδο αυτή η πόλη στολίστηκε με ωραία γλυπτά και μεγαλοπρεπή οικοδομήματα ενώ αυτά που έχτισαν οι Πτολεμαίοι, ανοικοδομήθηκαν και επισκευάστηκαν.
Με το διαμελισμό της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας σε Ανατολική και Δυτική, η πόλη πέρασε στον έλεγχο των Βυζαντινών, οι οποίοι την έχασαν το 637 μ.Χ. από τους Άραβες του Αμπού-Ουμπάι Αλ Τζαράχ, οι οποίοι την μετονόμασαν σε Αλ-Καλάτ. Από τότε η πόλη πέρασε διαδοχικά στα χέρια των Βυζαντινών το 975, στους Σελτζούκους Τούρκους το 1090, στους Άραβες το 1134, στους Αιγυπτίους του Σαλαντίν το 1175, στους Τούρκο-Μογγόλους του Ταμερλάνου το 1400 και το 1517 την κατέκτησαν, μαζί με την υπόλοιπη Συρία οι Οθωμανοί Τούρκοι.
Το 1860 οι συγκρούσεις των Οθωμανών με τους Δρούζους και τους χριστιανούς Μαρωνίτες σε συνδυασμό με τους σφοδρούς σεισμούς που έπληξαν την περιοχή, κατέστρεψαν μεγάλο μέρος των μνημειακών κτιρίων της πόλης. Αναγκάστηκαν να παρέμβουν οι δυτικές δυνάμεις, πρώτα οι Γάλλοι και ύστερα οι Γερμανοί, οι οποίες με ομάδες επιστημόνων που έφερναν μαζί τους, αναπαλαίωναν τα μνημεία. Το 1917, με την ήττα των Γερμανών στον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, η περιοχή πέρασε στον έλεγχο των δυνάμεων της Αντάντ.
Οι ερευνητικές ομάδες των Γάλλο-Βρετανών παρέμειναν στα μνημεία και μετά το 1947, που ανεξαρτητοποιήθηκε ο Λίβανος και τα μνημεία τέθηκαν υπό τη προστασία της Γενικής Διεύθυνσης Αρχαιοτήτων της χώρας. Τα μνημεία προστατεύτηκαν, από στρατιωτικές δυνάμεις, τη περίοδο του εμφυλίου πολέμου του Λιβάνου, που ξεκίνησε το 1975 και τελείωσε το 1990. Το 1984 η UNESCO ανακήρυξε το Μπάαλμπεκ ως Μνημείο Παγκόσμιας Κληρονομιάς.
